沿革
| 農業部門 | |
| 大正９年（1920）１月 | 兵庫県農事試験場但馬分場として朝来町牧田村（朝来市和田山町）に開設 |
| 昭和２５年（1950） | 農事試験場、農林講習所、種畜場、経営伝習農場を統合し、農業試験場として発足 |
| 昭和３６年（1961）５月 | 農業試験場梨試験地を城崎郡香住町(香美町香住区）に設置（昭和４３年農業試験場但馬分場梨試験地と改称） |
| 昭和５０年（1975）４月 | 機構改革により、兵庫県農業総合センター農業試験場但馬分場と改称 |
| 昭和６２年（1987）４月 | 機構改革により、兵庫県立中央農業技術センター農業試験場但馬分場と改称 |
| 平成５年（1993）４月 | 県立北部農業技術センター農業部として朝来郡和田山町安井（朝来市和田山町安井）に移転 |
| 平成14年(2002)４月 | 県立北部農業技術センターを県立農林水産技術総合センター北部農業技術センターに改称 |
| 平成21年(2009)４月 | 組織改編により農業部と食品加工流通部が統合し、農業・加工流通部と改称 |
畜産部門 |
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| 明治３９年（1906）６月 | 県立但馬種畜場を養父郡宿南村（養父市八鹿町）に開設 |
| 大正９年（1920） | 但馬種畜場を種畜場但馬分場と改称 |
| 昭和４年（1929） | 種畜場但馬分場を養父郡養父町堀畑（養父市堀畑）に移転 |
| 昭和１１年（1936） | 種畜場但馬分場美方種牛所を美方郡温泉町（新温泉町）に設置（1965年美方和牛試験地と改称） |
| 昭和２５年（1950） | 農事試験場、農林講習所、種畜場、経営伝習農場を統合し、農業試験場として発足 |
| 昭和３１年(1956） | 機構改革により農業試験場畜産部を種畜場として独立 |
| 昭和３８年５月 | 機構改革により、県立種畜場但馬分場と改称 |
| 昭和４３年（1968） | 機構改革により、県立畜産試験場但馬分場と改称 |
| 平成５年（1993）４月 | 県立北部農業技術センター畜産部として朝来郡和田山町安井（朝来市和田山町安井）に移転 |
養蚕部門 |
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| 大正７年（1918） | 原蚕種製造所を県立蚕業学校（養父市八鹿町）内に開設、同年１１月に城崎郡日高町（豊岡市日高町）に移転 |
| 大正１１年（1922） | 原蚕種製造所を蚕業試験場と改称 |
| 昭和５５年（1980） | 蚕業指導所と県立蚕業試験場を再編し、蚕業技術センターと改称 |
| 平成５年（1993）４月 | 県立北部農業技術センター蚕業普及課として朝来郡和田山町（朝来市和田山町）に移転 |
食品加工部門 |
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| 昭和３６年（1961） | 農業試験場組織改革により、化学部発足。食品加工試験に取り組む |
| 昭和６０年（1985）５月 | 農業総合センター経営流通室食品加工指導所を朝来郡和田山町（朝来市和田山町）に新設 |
| 平成５年（1993）４月 | 経営流通室の一部と食品加工指導所を統合し、北部農業技術センター加工流通部として朝来郡和田山町安井（朝来市和田山町安井）に移転 |
| 平成14年 （2002）4月 |
県立中央農業技術センター、県立北部農業技術センター、県立淡路農業技術センター、病害虫防除所、県立森林林業技術センター、県立水産試験場、但馬水産事務所試験研究室を統合し、加西市別府町に県立農林水産技術総合センターを設置。県立北部農業技術センターを県立農林水産技術総合センター部長（食品加工流通担当）に改称 |
| 平成18年(2006)4月 | 県立農林水産技術総合センター 食品加工流通部に改称 |
| 平成21年(2009)４月 | 組織改編により農業部と食品加工流通部が統合し、北部農業技術センター農業・加工流通部と改称 |
北部農業技術センター |
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| 平成５年（1993）４月 | 県立中央農業技術センターの農業試験場但馬分場、同梨試験地、畜産試験場但馬分場、同美方和牛試験地及び経営流通室食品加工指導所並びに県立蚕業技術センターを統合し、県立北部農業技術センターを朝来郡和田山町安井（朝来市和田山町安井）に設置 |
| 平成８年（1996）４月 | 行政組織規則の一部改正により、蚕業普及課を廃止 |
農林水産技術総合センター北部農業技術センター |
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| 平成14年 （2002）4月 |
県立中央農業技術センター、県立北部農業技術センター、県立淡路農業技術センター、病害虫防除所、県立森林林業技術センター、県立水産試験場、但馬水産事務所試験研究室を統合し、加西市別府町に県立農林水産技術総合センターを設置。県立北部農業技術センターを県立農林水産技術総合センター北部農業技術センターに改称 |